A simple method for the genetic identification of commercially important species in the Opisthonema genus Gill, 1861 in the southern Gulf of California
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Iniversidad Autónoma de Baja California
Descripción
The polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) technique was used to identify 3 species in the genus Opisthonema (Opisthonema bulleri, Opisthonema medirastre, and Opisthonema libertate) in the southern Gulf of California. Two specific primer pairs were designed to amplify the COI mitochondrial gene and 3 restriction enzymes (HpaII, RsaI, and AvaII) were selected to compare the RFLP patterns among the species. Different polymorphism levels were detected among samples. Easily analyzed specific restriction profiles were created, which differentiated unequivocally among the 3 target species. The approach undertaken here using PCR-RFLP is relatively cheap, fast, and robust, providing a useful technique for the identification of species in the genus Opisthonema.
Se aplicó la técnica de reacción en cadena de la polimerasa-polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (PCR-RFLP, por sus siglas en inglés) para identificar 3 especies del género Opisthonema (Opisthonema bulleri, Opisthonema medirastre y Opisthonema libertate) en la región sur del golfo de California. Se diseñaron 2 pares de iniciadores específicos para amplificar el gen mitocondrial COI y se seleccionaron 3 enzimas de restricción (HpaII, RsaI y AvaII) para comparar los patrones de RFLP entre las especies. Diferentes niveles de polimorfismo fueron detectados entre las muestras. Se generaron perfiles de restricción específicos fáciles de analizar, los cuales pudieran distinguir de manera inequívoca las 3 especies objetivo. El enfoque llevado a cabo aquí usando PCR-RFLP es relativamente barato, rápido y robusto, y proporciona una técnica útil para la identificación de las especies del género Opisthonema.
Se aplicó la técnica de reacción en cadena de la polimerasa-polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (PCR-RFLP, por sus siglas en inglés) para identificar 3 especies del género Opisthonema (Opisthonema bulleri, Opisthonema medirastre y Opisthonema libertate) en la región sur del golfo de California. Se diseñaron 2 pares de iniciadores específicos para amplificar el gen mitocondrial COI y se seleccionaron 3 enzimas de restricción (HpaII, RsaI y AvaII) para comparar los patrones de RFLP entre las especies. Diferentes niveles de polimorfismo fueron detectados entre las muestras. Se generaron perfiles de restricción específicos fáciles de analizar, los cuales pudieran distinguir de manera inequívoca las 3 especies objetivo. El enfoque llevado a cabo aquí usando PCR-RFLP es relativamente barato, rápido y robusto, y proporciona una técnica útil para la identificación de las especies del género Opisthonema.
Abstract
Palabras clave
PCR-RFLP, Opisthonema, restriction enzymes, COI gene, identification, PCR-RFLP, Opisthonema, enzimas de restricción, gen COI, identificación