Diseño de un flujo bioinformático para la separación y reconstrucción de dos genomas mitocondriales de cepas de Dunaliella salina de un mismo conjunto de datos de secuenciación de alto rendimiento

Abstract

El manejo de datos de secuenciación y genomas cada vez más complejos ha evidenciado la necesidad del desarrollo de programas, técnicas y flujos bioinformáticos especializados para la resolución de problemas particulares entre los proyectos de secuenciación, como lo puede ser la presencia de dos o más haplotipos mitocondriales correspondientes a cepas filogenéticamente cercanas representadas en un mismo conjunto de datos, lo que dificulta la correcta identificación y separación de sus respectivas lecturas genómicas, favorece la generación de ensambles incompletos, la creación de contigs quiméricos debido a la alta similitud entre los genomas y/o la omisión de haplotipos existentes en el dataset al ser tratados falsamente como artefactos durante las metodologías convencionales pertenecientes a los ensambladores actuales.